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El origen remoto de Alef University está vinculado con el Seminario Teológico de Honduras (SETEHO). En el año de 1984, Raúl Zaldívar conjuntamente con Juan Carlos Valladares y Aurora Recinos fundaron una escuela de estudios bíblicos que, con el paso de los años, evolucionó y maduró hasta convertirse en el SETEHO. Esta institución se especializó en la formación de pastores, educadores y teólogos con mucho éxito. 

El Rev. Juan Carlos Valladares fue invitado en el año 2007 para colaborar con el Ministerio Evangelistico Raúl Zaldívar (MERZ). Él trajo consigo  la idea de crear una institución enfocada en la formación de líderes usando la tecnología y la televisión basado en algunas ideas desarrolladas en el SETEHO. El Dr. Zaldívar, quien había fundado el Seminario Bíblico Online en el 2004, abrazó esa visión y fundaron la Universidad para Líderes en la ciudad de Chicago.

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Al principio fue una escuela enfocada en diplomaturas de liderazgo y ministerios relacionados con la Iglesia. Para el año 2011 se crearon las primeras carreras de grado que con el correr de los años han ido creciendo y tomando fuerza en diferentes países del mundo tanto en el idioma castellano como en el idioma inglés.

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Con un nuevo liderazgo, integrado por gente valiosa como César Gómez, vicepresidente de la Universidad, Dulce Gutiérrez, vicepresidente de asuntos académicos y Edwin Rivera Manso deciden en enero del año 2022 cambiar el nombre de Universidad para Líderes a Alef University, dando inicio a una nueva etapa con un ambicioso proyecto al que le llamaron Plan Alef 20/30; la visión de la Universidad para los próximos 10 años y consolidar de esta manera una institución global que sirva a Iglesia.

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